Die ältesten archäologischen Funde deuten auf eine erste Besiedelung der Inseln von ca. 4.000 Jahren durch die Lapita-Kultur hin. Die Besiedelung erfolgte vermutlich in mehreren Einwanderungswellen aus Melanesien und Polynesien.
1605 landete Pedro Fernandez de Qurios als erster Weisser in Big Bay auf Santo und war der irrigen Meinung auf dem lange vermuteten Südkontinent gelandet zu sein. Daher nannte er das Land Terra Australis del Espiritu Santo und nahm es "bis zum Südpol" in Besitz der Spanischen Krone und der Katholischen Kirche.
1768 fuhr Louis Antoine de Bougainville zwischen Santo und Malekula hindurch, und widerlegte somit Quiros. Zu Pfingsten landete er auf Pentecost, daher hat die Insel ihren Namen.
1774 landete Cook mit seinem Schiff Resolution auf der Insel Tanna, die er wegen den starken Eruptionen des Vulkans Yasur als "Leuchtturm des Südpazifik" bezeichnete. Die Bucht, an der Cook einst landete heißt noch heute Port Resolution. Er war es auch, der der Inselgruppe den Namen "Neue Hebriden" gab.
Die ersten weissen Siedler und Missionare landeten 1839 auf der Insel Erromango, darunter John Williams von der London Missionary Society. Nachdem er ganz Samoa binnen 10 Jahren friedlich christianisiert hatte, kam er mit seinen samoanischen Anhängern auf die Neuen Hebriden, wo er nach 3 Monaten auf Erromango getötet und verspeist wurde.
Missionare auf Erromango, auch Insel der Märtyrer genannt, hatten keine guten Überlebenschancen, die meisten von ihnen erlitten das gleiche Schicksal wie John Williams, wovon noch heute einige Bone-Houses zeugen. Das lag vielleicht auch daran, dass die meisten Missionare versuchten, der männlichen Bevölkerung den Genuß von berauschender Kava zu verbieten.
Erst in den 1860-er Jahren gab es die ersten dauerhaften Missions-Stationen auf Vanuatu.
Der Kontakt mit den Weissen hatte aber auch schlimme Folgen für die Ni-Vanuatu, da diese keine Abwehrkräfte gegen die von den Weissen eingeschleppten Krankheiten verfügten und so in großer Zahl starben. Bis 1935 schrumpfte so die einheimische Bevölkerung auf nur noch 45.000 Einwohner. Oft wurden auch deswegen weisse Missionare nach solchen Epedemien getötet, da man sie für die Krankheiten nicht ganz zu Unrecht verantwortlich machte.
Da sich nach der Entdeckung durch James Cook immer mehr Weisse aus England und Frankreich niederließen standen die Neuen Hebriden ab 1887 auch offiziell unter Englischer und Französischer Kontrolle.
1906 einigten sich beide Mächte darauf, das Kondominium Neuen Hebriden unter ihre Verwaltung zu stellen. Das zeigt sich noch heute an der Verbreitung der Englischen und Französichen Sprachen auf Vanuatu. Auf manchen Inseln überwiegen die englischsprachigen Missionsschulen auf anderen Inseln die französischen.
Als die Japaner 1942 die benachbarten Solomon Inseln besetzten fürchteten die Bewohner der Neuen Hebriden, dass sie hier als nächstes landen würden. Im Mai 1942 kam ihnen jedoch die US-Armee zuvor und landete in Mele Bay bei Port Vila. Da die Bewohner von Vila sie zunächst für Japaner hielten, flüchteten sie ins unbewohnte, gebirgige Landesinnere.
Auf Espiritu Santo landeten über Nacht ca. 100.000 Soldaten.
Die US-Armee übernahm mehr oder weniger einfach das Land und baute Infrastruktur wie Straßen, Flugplätze, Wasserleitungen und waren daher von der indigenen Bevölkerung sehr bewundert und geschätzt. Dies auch deswegen, weil die Amerikaner ihnen Arbeit gaben und sie, im Gegensatz zu den Engländern und Franzosen fair behandelten. Besonders der Umstand, dass in der US-Armee Schwarze und Weisse gleichberechtigt zusammen arbeiteten, kam bei ihnen gut an, nachdem sie von ihren früheren Kolonialherren als Menschen zweiter Klasse behandelt wurden!
Von verschiedenen Flugplätzen auf Espiritu Santo aus griff die US-Armee mit Bombern und Jagdflugzeugen die Japaner auf den Solomons an, wovon noch heute viele Landebahnen und Flugzeugwracks im Urwald zeugen.
Umgekehrt gab es nur einen Angriff von einem Jagdflugzeug der Japaner, das abgeschossen wurde und eine Kuh auf der Weide tötete.
Drei Jahre später verließen die Amerikaner die Neuen Hebriden wieder so schnell wie sie gekommen sind. Sie hinterließen den Ni-Vanuatu eine funktionierende Infrastruktur und erhielten umfassende Entwicklungshilfe in Form von Bulldozern, Lastwagen, Kräne und schwerer Ausrüstung. Das Kondominium aus Engländern und Franzosen wollten diese Ausrüstung jedoch nicht haben und so wurde sie einfach im Meer versenkt, wie etwa am Million-Dollar-Point bei Luganville.
Heute sind das einige der begehrtesten Tauchspots weltweit, wie etwa das Wrack der President Coolidge auf Santo.
Nachdem die US-Armee die Neuen Hebriden verlassen hatten, sah sich die Verwaltung des Kondominiums einer wesentlich selbstbewußteren Bevölkerung gegenüber, die sich nicht mehr so einfach unterdrücken lassen wollte. Hinzu kam, dass ihr Land von den Weissen an Einwanderer und Investoren verkauft wurde, um die marode Wirtschaft zu fördern.
Nach Auffassung der indigenen Bevölkerung kann man Land aber nicht besitzen sondern nur von einer Generation an die nächste weitergeben. Die Ausweitung der Kopra-Plantagen in Rinderfarmen nahm der einheimischen Bevölkerung mehr und mehr Land weg. - Dies war der Beginn der Unabhängigkeitsbewegung.
Nachdem der Unabhängigkeitskämpfer Jimmy Stevens gewaltsam den Flugplatz in Luganville besetzte und Espiritu Santo zum unabhängigen Staat Venerama ausrufen wollte und Aufstände auf Tanna zwischen Befürwortern und Gegnern des Kondominiums ausbrachen, waren die Tage des Kondominiums gezählt. Weder die Französische noch die Englische Armee wollten in diesen Streit militärisch eingreifen.
Walter Lini mit seiner Vanua'aku-Party gewann die ersten Wahlen und am 30.Juli 1980 wurde Vanuatu unabhängig. Seitdem feiert Vanuatu an diesem Datum seinen Unabhängigkeitstag.
Nach einer alten Überlieferung lebte vor langer Zeit ein sehr mächtiger König auf Efate, der die kriegerischen und kannibalistischen Stämme einte und für eine friedliche Zeit auf der Insel sorgte. Eines Tages wurde er von einem vergifteten Pfeil getroffen und wurde sterbend von Dorf zu Dorf getragen, um sich von seinen Untertanen zu verabschieden.
Schließlich starb er in einer Höhle auf der Insel Lelepa und wurde anschließend auf die benachbarte Insel Artok gebracht, auch Hat-Island genannt.
Die Chiefs der Stämme, die er befriedet hatte begleiteten ihn mit ihren Frauen und wurden dort mit ihrem König lebendig begraben. Die Insel war darauf hin für Jahrtausende tabu und durfte nicht betreten werden.
Archäologische Ausgrabungen auf Artok Island bestätigten diese Geschichte insofern als dass hier rund um das Grab des Königs paarweise Skelette von Männern und Frauen gefunden wurden, die auf die zeit zwischen 1.250 und 1.300 vor Christus datiert wurden. Eine sehr interessante Ausstellung hierzu befindet sich im öffentlich zugänglichen Nationalmuseum von Vanuatu in Port Vila.
